高雄捷運外勞弊案

2005年8月高捷外勞弊案爆發，由於時任總統府特任副秘書長陳哲男被指控接受廠商招待出國，中華民國第一家庭和總統府的清廉在媒體的大幅報道這些事件下也開始遭到質疑，立法委員邱毅更時常在缺乏具體證據之下不斷爆料出有關總統府及第一家庭的弊案和醜聞。

台灣土地開發公司內線交易案

2006年5月25日，陳水扁的女婿趙建銘，由於涉及台灣土地開發公司的內線交易案，遭臺北地院裁定收押禁見。這使得民進黨和陳水扁總統的聲望受到重大的打擊。而總統夫人吳淑珍亦被指控收受太平洋SOGO崇光百貨禮券及炒股、投資基金，已有確實的證據。

此案爆發後，許多媒體和泛藍立委以「一妻（涉嫌貪污的總統夫人吳淑珍）、二祕（前總統府副祕書長陳哲男、前總統府副祕書長馬永成）、三師（律師林志豪、醫師黃芳彥、會計師張兆順）、四親家（趙玉柱、簡水綿、趙建銘、趙建勳）」來形容總統府和第一家庭在弊案和醜聞中的關鍵人物和利益關係。

國務機要費案

2006年11月3日，台灣高等法院檢察署查黑中心檢察官陳瑞仁偵辦國務機要費案結案，並起訴吳淑珍等4人。檢方於起訴書內認定陳水扁涉有貪污及偽造文書罪嫌，但因受中華民國憲法第52條之保障，俟其經罷免或解職之後再行訴究。

巴紐外交費侵吞案

2008年5月台巴（巴布亞新畿內亞）外交金援十億遭侵吞案爆發，陳水扁5月6日發表聲明指出，「我心中坦蕩，既未主導、亦未參與執行」，同日行政院副院長邱義仁、外交部長黃志芳、國防部副部長柯承亨因此案請辭獲准。部分民進黨員包括蘇貞昌在內，對於陳水扁8年執政讓民進黨形象大損，認為可以由全黨討論應否退黨，部分黨員則持保留態度。

2008年5月20日陳水扁在卸任前多次表示，卸任後將成為終身的臺灣志工；並且在卸任當天依約排定了許多的志工行程。不過他卸任總統職務，1小時後（當天上午10點），隨即因國務機要費案遭到檢調機關偵辦。此後陳水扁官司纏身，先後因「柔性政變」誹謗案、雷學明案而出庭應詢。其中以陳水扁家庭的巨額密帳案最為轟動。

海外洗錢疑雲

2008年8月13日壹週刊刊載陳水扁藉由媳婦黃睿靚將鉅款匯到美國，但陳水扁隨即透過律師出面否認，並聲稱陳家財產早已經信託，不可能匯出國外。8月14日，立法委員洪秀柱舉行記者會揭露黃睿靚在瑞士以其個人與公司名義所成立的4個帳戶因有洗錢嫌疑而遭瑞士聯邦檢察署查封並主動致函台灣請求司法協助。同日下午陳水扁召開記者會坦承其歷來的選舉剩餘款並未誠實申報，而且其妻吳淑珍暗中將他自1996年起共4次的選舉結餘款匯往海外帳戶，他於同年初才首次得知此事。此話一出立刻在台灣社會引爆喧然大波並招致台灣社會輿論撻伐。8月15日陳水扁以書面聲明表示自即日起與妻子吳淑珍主動退出民進黨，以示對黨與支持者的愧疚。

9月2日，前調查局長葉盛茂召開記者會表示今年元月廿九日接獲艾格蒙聯盟通報陳水扁媳婦黃睿靚，在瑞士日內瓦美林銀行開立帳戶涉嫌洗錢等情資，他隨即將該情資原文及附件面交陳水扁。葉盛茂同時承認九十五年底獲悉吳淑珍在澤西群島開設信託帳戶情資，於例會時親自向陳水扁報告。

同年9月11日，陳水扁於台南家鄉受訪稱此疑雲乃為國民黨與馬英九追殺手段，宣布將參選2012年中華民國總統選舉，惟翌日即否認該宣佈，並稱該參選談話為媒體誤解。

9月12日，民進黨廉政委員會，日前所提的60個問題，數度連繫陳水扁辦公室要約詢扁，未獲具體答覆，廉政會自稱會繼續溝通。

至今，相關涉案人（陳致中、黃睿靚、吳景茂……等人），推說海外帳戶鉅款是吳淑珍所有，自稱為人頭，皆以「沒有自證有罪的義務」為由，拒簽查帳授權書。

2008年11月11日，台北地方法院裁定收押陳水扁，押往台北土城看守所。





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