若澳門貨代行業更改明年的承運合約成為事實，將出口目的港和出口發運港由香港轉移去深圳，則由香港過去依靠中轉的角色只會進一步受挫。 澳門航運市場開辦澳門至深圳中轉貨航線，搶貨、攔截貨源和傳統航運方式受到衝擊，在香港轉運結構已經不是某個部分的問題，而是整個內河航運領域都明顯感覺到。
去年深圳西部港區開辦的華南公共快線在珠江中上游爭奪貨源，已經令到香港在過去十個月內河航運的貨量逐月下降，目前平均每月進出口貨櫃量跌至50多萬箱，與兩年前近百萬箱相比，相差距離愈來愈大。
深圳市交通局對澳門有意加強在深圳港的中轉業務表示歡迎，認為利用深圳港中轉澳門的國際貨物，對加強深圳與澳門兩地物流合作，促進深圳港駁船支線服務發展，發揮深圳西部港區幹線班輪密集的優勢，提高深圳港口的整體競爭力，促進澳門經濟增長，都具有重要意義。
深圳海關與澳門特區政府海關亦在泛珠三角地區經濟合作發展的框架下達成協議，對澳門通過深圳中轉的貨物實施「兩關一檢」的簡便手續，澳門海關查驗過的貨物發送深圳轉運出口時，深圳海關可以免查驗放行。同樣，澳門進口貨物通過深圳港到岸時，深圳海關進行查驗後，直接發送澳門，省去兩地查驗的繁瑣。