伊蘇國VI開篇引子：
隨著幻之都克芬再次沉沒於大地之下，沙漠再次恢復原來的綠色的土地，亞特魯結束了在森德裡亞的冒險。3年之後，23歲的亞特魯再次踏上冒險的旅程。在巴雷西亞和多奇相遇之後，兩人以阿弗羅加為冒險目的地向著艾雷西亞大陸南端進發。
打算乘船的兩人來到來到港口艾迪斯，在海港的酒場，亞特魯遇見3年前在森德裡亞認識的蒂拉，還有她的父親拉多克。拉多克是被羅門帝國懸賞通緝的海盜，正當羅門帝國士兵發現他們並前來酒場抓人時，混亂之中，亞特魯和多奇也跟隨他們逃走並坐上了海盜船離開艾迪斯。也許勇者的經歷註定是充滿變幻多彩，與朋友的重逢使得以阿弗羅加為目標的亞特魯改變了自己冒險的旅程。
亞特魯從拉多克口中得知關於迦南大漩渦這個未知的世界之後，決定跟隨他們向著這個魔之海域進發，用自己的雙眼去確認未知的世界。翌日，亞特魯等人乘坐的海盜船在亞托拉斯大海被羅門帝國艦隊追截。由於帝國艦隊閃電般的來襲，海盜船被追至接近大漩渦這個危險海域，拉多克唯有孤注一擲將船駛向大漩渦。處於混亂處境之中的海盜船，在大漩渦中失去平衡，蒂拉身邊船舷的木板因為大漩渦的引力也被吹了起來，在蒂拉快要被拋下大海之時，亞特魯及時伸手抓住她並將她救起。不過換來的是，自己被大漩渦巨大吸進了大海之中……
西方大海的盡頭，展開新的冒險：
掉進大海的亞特魯被大漩渦捲走，漂流到一個遠離艾雷西亞大陸的孤島上--迦南諸島。在這個佈滿森林和遺跡的島嶼上，住著一些名為列達族的精靈居民，而他們信奉的神明是一個名叫雅露瑪的有翼人。列達族的巫女奧露哈和她妹妹伊莎，把漂流到岸邊的亞特魯救起。勇者的冒險總是充滿浪漫的色彩和傳奇的情節，亞特魯在這個神秘的孤島上展開了冒險的新一頁。
來到迦南之後，亞特魯在港城利摩奇與拉瓦重逢並結識了來自阿爾達格商人巴司拉姆，在地下遺跡中遇到神秘的傭兵蓋修。在冒險的過程中，亞特魯找回了列達族丟失的神鏡，不久之後還和乘坐海盜船來到迦南的多奇等人會合。隨著劇情的發展，迦南諸島週邊的大漩渦神秘的消失了。就在此時，羅門帝國艦隊長驅直入來到迦南……
究竟這次故事的幕後主謀是誰，雅露瑪究竟是何方神聖，納比斯汀的方舟究竟是什麼東西……這一切一切都會在本作中一一解開！
嶄新的系統、傳統的元素：
1. 伊蘇國系列作大雜燴
本作的一大特色在於有前幾作的角色的登場，例如破牆專家多奇、盜賊少女蒂拉、歷史學者拉瓦等等，這些都是伊蘇國中的主要人物。另外，一些至今沒有解開的謎團也會一一揭開，遊戲包含了伊蘇國1～5的故事背景，更重要的是亞特魯在未知世界裏冒險。在遙遠西方的大海的盡頭，被大漩渦捲進大海的亞特魯來到一個精靈與自然共生的孤島上，這裏是精靈列達族居住的美麗孤島，遊戲中關於有翼人的傳說以及其留下的遺產與伊蘇國前作故事內容有所關聯。
2. 玩家可以同時使用三把劍
亞特魯的武器是3把屬性不同的艾玫拉司劍。可以利用艾玫拉司劍的長處發揮刺擊、迴旋斬、斬擊等效果，而且三把劍都附有自己特殊的劍技和劍魔法，玩家根據敵人的屬性作武器的變更將會是取勝的關鍵。
3. 體現前所未有的快感
作為ARPG的始祖的伊蘇國，本作除了繼承以往的傳統，還引入很多嶄新的元素。在3D環境下的展現出來跳斬、下刺、沖斬、沖跳斬等新動作，以及與敵人在空中、陸地和水中的激戰場面都會在本作中出現。伊蘇國傳統著重於"閃避"與"攻擊"的平衡互補，新元素的引入不會對這種平衡產生影響，反而令戰鬥更具緊張感。玩家利用戰術來享受戰鬥的樂趣，例如找出頭目的弱點並果斷出招戰勝它，利用三把劍的不同屬性來對付不同的敵人。
4. 更加細緻的動畫效果
卓越的畫面表現力，大家可以在遊戲中看到大海水滴一粒一粒地反射太陽光、深藍的海底見不了底、樹林中透下的絲絲和暖的陽光、從塔頂眺望的深邃神秘森林。伊蘇國6的舞臺中到處充滿著自然美麗的自然景色，可以說是冒險者旅途上寶貴的療傷場所。遊戲的動畫也是伊蘇國的嚼頭之一，明快激昂的動畫使得玩家再度披起戰炮投身奇幻國度的冒險旅程中。
