世界自然基金會（下稱「本會」）自1988年開始與港府緊密合作，在香港設立海岸公園及海岸保護區。經過八年來的積極參與，包括協助政府擬定海岸公園及海岸保護區的指引及制定配合法例等，海下灣終於在1996年7月成為香港首批海岸公園。
海下灣海岸公園位於西貢西郊野公園的北端。該地獨特之處在於海灣雖小，卻孕育了豐富及多樣化的海洋生物。海下灣是香港唯一可經由陸路前往的海岸公園，當局一直謹慎監控郊遊人士數目，以免對保護當地敏感而脆弱的海洋和沿岸環境構成過大的壓力。
為了推廣海洋保育，同時提供具持續性及能親身體驗的教育活動，本會在海下灣興建「海下灣海洋生物中心」(下稱「中心」)。
- 讓參觀人士在愉快的學習環境中認識珊瑚生態的重要價值 讓參觀人士欣賞香港海洋環境的美態，並提高他們的海洋保育意識 鼓勵參觀人士參與海洋保育活動 配合及協助香港特區政府海岸公園管理局在海下灣海岸公園進行的管理工作
世界自然基金會興建海下灣海洋生物中心，目的是在海下灣提供海洋教育設施。中心的建築申請於1998年3月獲郊野公園及海岸公園委員會通過，工程在2003年完竣，並在2004年9月開始提供中學生教育活動。
中心總面積達834平方米，建築在沒有珊瑚生長的海床上，以免破壞當地淺水區珊瑚群落。中心位於岬角的東面，由一條天橋與郊野公園的小徑連接。中心以特別的建築方法施工，務求將對附近的環境影響減至最低。例如裝設支撐中心的樁柱時採用鑽挖形式，取代普通的打樁方式，務求減少翻起海床的沙泥，避免珊瑚窒息及死亡；大部份上層建築組件是在建築地點以外的地方預先製作，並由駁船運到海下，再以吊車裝嵌，從而把施工帶來的污染、垃圾及噪音減至最少。
為融合傳統新界村屋的屋頂建築特色，中心建有傾斜的上蓋，以及向外伸展的大型屋簷。中心外牆漆上自然柔和的色調，以配合四周的郊野景致。
「透明號」是香港第一艘特製的淺吃水玻璃底船。每程可容納40人的「透明號」，讓參觀人士舒適地探索海下灣瑰麗獨特的海底世界，觀賞富饒的海洋生物。
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