一八四七年，清廷修建九龍寨城，駐兵數百，以加強海防。寨城衙門，原為九龍司巡檢辦公地方，深三進，二進為公堂，後進為官邸。自一八九九年清朝官兵撤離寨城後，衙門曾被不同的教會團體租用，先後作老人院、孤兒寡婦所、學校、醫務所等用途。一九八七年政府宣布清拆寨城，於原址興建公園，衙門得以保留並全面復修，成為公園內的重要古蹟。
公園是以清初江南園林為設計模式，興建工程於1994年5月動工，由一群來自中國的資深技工負責，以確保傳統的設計和構思能再次在公園中展現。興建工程於1995年8月竣工，並在1995年12月22日由香港總督彭定康主持開幕儀式。整個公園佔地31,000平方米，共分為8個不同景區，各有特色，但融為一體。公園耗資7,600萬港元興建，由康樂及文化事務署負責管理。
整個公園以江南園林規格建造，分為春、夏、秋、冬四季，共八個不同景區。除展示寨城文物的「南門懷古」外，另有景點如邀山樓、六藝臺、歸壁石、童樂苑、敬惜字紙亭等。廣蔭庭則擺放嶺南派四季盆栽，並有一幅以啤酒樽、碗、碟碎片和剩餘建園材料砌成的「五福壽鶴圖」。九龍寨城公園與毗鄰的賈炳達道公園相連，形成面積龐大的公眾休憩地方。公園亦有三個小型山崗，以記念三位曾在城寨工作的牧師。
